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【事案の概要】 イラン国籍を有する原告は、平成19年に来日し、難民認定申請を行いながら「特定活動（就労可）」の在留資格で就労していた。原告は来日後にイスラム教からキリスト教に改宗したことを理由に難民該当性を主張し、複数回にわたり難民認定申請を行っていた。平成30年7月、原告が3回目の難民認定申請とともに在留期間更新許可申請（本件更新申請）を行ったところ、東京入国管理局長は、同年1月から導入された新たな運用（本件運用）に基づき、再申請者であって難民である可能性が高いとは認められないとして、在留期間更新を不許可とした（本件不許可処分）。これにより原告は不法残留となり就労資格を失った。原告は本件不許可処分の取消訴訟を提起し、同処分は違法として取り消す旨の判決が確定した。また、2回目の難民不認定処分の取消訴訟でも原告勝訴の判決が確定した。原告は、違法な本件不許可処分により財産的損害及び精神的苦痛を被ったとして、国家賠償法1条1項に基づき約630万円の損害賠償を求めた。 【争点】 1. 本件不許可処分について国家賠償法上の違法性及び故意又は過失が認められるか 2. 損害の有無及びその額 【判旨】 裁判所は、東京入管局長が独自に採用した運用基準（本件東京運用）が著しく合理性を欠くものであるとして、国家賠償法上の違法性及び過失を認め、約553万円の賠償を命じた。 裁判所はまず、行政処分の違法性と国賠法上の違法性は異なる概念であり、後者が認められるには公務員が職務上尽くすべき注意義務に違反したことが必要であるとした。その上で、入国管理局が導入した本件運用（濫用的申請の抑制と真の難民の迅速保護を目的とするもの）自体には相応の合理性があるとしつつも、東京入管局長が独自に定めた基準、すなわち再申請者について「従前の判断を覆すべき一見明白な事情」がない限り保護対象としないとする本件東京運用は、事情変更の有無及び程度について実質的審査をしない点で、在留期間更新の許否を法務大臣の判断に委ねた入管法21条3項の趣旨に反し、著しく合理性を欠くと判断した。東京入管局長は本来考慮すべき事情を十分に検討することなく漫然と本件不許可処分をしたものであり、過失が認められるとした。故意については、違法性の認識がなかったとして否定した。損害については、逸失利益約458万円、慰謝料30万円、弁護士費用約48万円等を認容した。