法人税更正処分等取消請求事件

【事案の概要】 内国法人である原告（製薬会社）は、米国製薬会社GSKとの間で医薬品用化合物の共同開発を行うジョイントベンチャー（JV）を形成し、英国領ケイマン諸島において特例有限責任パートナーシップ（CILP）を設立してそのパートナーシップ持分を保有していた。原告は、JVの枠組み変更に際し、平成24年10月31日、保有するCILPのパートナーシップ持分（49.99%）を英国完全子会社SLに現物出資した。原告は、この現物出資が法人税法上の適格現物出資に該当し譲渡益の計上が繰り延べられるとして確定申告をしたところ、東税務署長から、本件現物出資は外国法人に「国内にある事業所に属する資産」を移転するものであり適格現物出資に該当しないとして、法人税等の更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分等を受けた。原告は、事前に大阪国税局に照会し適格現物出資に該当する旨の回答を得ていたことも主張して、本件各処分の取消しを求めた。 【争点】 1. 本件現物出資が適格現物出資に該当するか（対象資産が施行令4条の3第9項の「国内にある事業所に属する資産」に該当するか） 2. 本件各処分が信義則に反するか 3. 過少申告加算税につき国税通則法65条4項の「正当な理由」があるか 【判旨】 裁判所は、本件現物出資は適格現物出資に該当すると判断し、原告の請求を大部分認容した。まず、本件現物出資の対象資産は本件CILP持分であるが、その内実はCILPの事業用財産の共有持分とLPとしての契約上の地位が不可分に結合されたものであると認定した。次に、「国内にある事業所に属する資産」の該当性について、法人税基本通達1-4-12が示す判断基準に沿い、資産の経常的な管理がどの事業所で行われていたかを検討した。パートナーシップ持分の価値の源泉はCILPの事業用財産の共有持分にあるとして、その主要な構成要素である現金（米国の口座に入金）、知的財産のライセンス（米国で記帳・管理）、治験データ（GSK/ViiV側のデータベースに保管され原告にはアクセス権なし）のいずれもGSK/ViiV側が米国等の国外事業所で経常的に管理していたことを認定し、本件CILP持分は「国内にある事業所に属する資産」に該当しないと結論付けた。これにより争点2・3の判断は結論を左右しないとして判断を省略した。