法人税更正処分等取消請求事件

【事案の概要】 飲食店経営を目的とする原告会社が、担保不動産競売により東京都港区所在の土地・建物及び附属設備を約25億9000万円で一括取得した。原告は、路線価及び類似物件の再調達価格に基づき土地と建物等の取得価額を按分し、建物等を約12億7000万円として減価償却費及び消費税の課税仕入れに係る支払対価の額を計算し、法人税及び消費税等の確定申告を行った。これに対し、船橋税務署長は、固定資産税評価額の価額比によるべきであり、建物等の取得価格は約3億8000万円にとどまるとして、法人税及び消費税等の各更正処分並びに過少申告加算税の賦課決定処分を行った。原告は審査請求を経て、これら処分の取消しを求めて提訴した。 【争点】 (1) 審査請求前置の有無 (2) 不動産の取得価額として落札金額に敷金債務相当額（約1億6000万円）を加算すべきか (3) 一括取得した各資産の価額評価の方法（固定資産税評価額、裁判所選任の鑑定人による鑑定、原告提出の不動産鑑定評価書のいずれによるべきか） (4) 建物内部造作の評価額 【判旨】 裁判所は、以下のとおり判断し、消費税等の更正処分及び賦課決定処分の一部を取り消し、その余の請求を棄却した。 争点(1)につき、審査請求手続で原告が課税要件に係る事実の一部を認める主張をしたとしても、審理対象が変更されたとはいえず、訴えは適法であるとした。 争点(2)につき、敷金返還債務の額は明渡時の賃借人の債務不履行の有無等によって異なり、取得時に確定していなかったから、「購入のために要した費用」として取得価額に加算することはできないとした。 争点(3)につき、固定資産税評価額による按分は一般的合理性を有するものの、当該資産の個別事情を考慮した適正な鑑定が行われた場合にはその鑑定評価額によるべきであるとした。裁判所選任の鑑定人による本件鑑定は、実際の工事費に基づく再調達原価の算定や市場賃料に基づく収益価格の算定が適正であるとして、これを採用した。他方、原告提出のＬ評価書は、再調達原価が実際の工事価格と大きくかい離し、賃料収入の算定も市場動向を十分に考慮していないとして排斥した。 争点(4)につき、本件鑑定が内部造作を1064万円と評価したことは、スケルトン貸しにおける造作譲渡の実態等を踏まえた適正な評価であるとした。 以上から、本件鑑定に基づき各資産の取得価額を按分した結果、法人税の更正処分及び賦課決定処分は適法であるが、消費税等の更正処分及び賦課決定処分は一部違法であると判断した。